Aunque el proyecto había sido ya emprendido por san Ignacio de Loyola, los jesuitas llegan al antiguo Virreinato del Perú bajo el gobierno de san Francisco de Borja, tercer Superior General de la Compañía de Jesús. Procedentes de España, los primeros jesuitas desembarcan en el puerto del Callao el 1º de abril de 1568, con la misión de fundar la primera provincia jesuítica en territorio hispanoamericano.
Durante la colonización española los jesuitas concentran sus esfuerzos en la evangelización del Virreinato, abriendo puestos de misión (particularmente en Maynas y Juli), promoviendo la educación de la juventud (a través de colegios y de la Universidad San Ignacio del Cusco) y edificando templos para el cultivo de la fe. Signo de la eficacia apostólica de la antigua Provincia Peruana será la fundación progresiva de nuevas provincias jesuíticas en territorio sudamericano.
De esta época, la historia destaca la labor misionera, intelectual y artística de jesuitas como Blas Valera (cronista y primer jesuita mestizo), José de Acosta (naturalista), Francisco del Castillo (predicador popular), Antonio Ruiz de Montoya (lingüista y fundador de las Reducciones del Paraguay), Bernardo Bitti (pintor manierista) y Juan Pablo Vizcardo y Guzmán (quien sería ideólogo de la independencia americana).
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