Las imágenes de San Francisco de Javier (1506-1552) se hicieron muy populares en el siglo XVII, sobre todo en la medida que la Compañía iba ampliando su importancia como orden de misioneros. Ejemplo de una de estas representaciones es la pintura de Francisco Herrera "El éxtasis de San Francisco de Javier", fechada en 1625 y que se encontraba en la casa profesa de la Compañía en Sevilla. En aquella obra se observa a Francisco levitando mientras predica ante un grupo de fieles. Ciertamente no existe relación directa entre la pintura de Herrera y la que se encuentra en la Iglesia la Compañía de Arequipa. Sin embargo, es probable que ambos lienzos se hayan inspirado en grabados que recogían la vida de Francisco, muy populares en aquel tiempo.

Este óleo cuenta un suceso de la biografía del santo navarro, al parecer durante su estadía en Goa. Se observa a San Francisco de Javier junto a un grupo de fieles de la India en plena visión de Nuestro Señor Jesús. Cristo aparece elevado, alrededor de una corte de ángeles, mientras señala a Francisco con la mano derecha. Desde abajo, el santo observa extasiado la presencia del Señor, abriendo los brazos en señal de entrega y amor místico. Posee interés las expresiones de incredulidad de los paganos que aparecen detrás de la escena. En contraposición, resultan conmovedoras las actitudes de sobrecogimiento del niño y de su madre que yacen a un lado del santo. La presencia del Señor ha desbordado a todos.

La composición acusa un acertado dominio del movimiento. Se evidencian dos planos. El superior, en el que domina la visión divina y el inferior, de presencia humana. Las tonalidades cromáticas contrastadas, el dramatismo de la acción y de los caprichos de los cuerpos, nos sitúan ante una obra de evidentes signos barrocos. El cuadro nos sitúa de golpe en la experiencia mística, en la conmoción de estar ante el Señor, en las reacciones humanas ante tal evento. En suma, el autor ha sabido envolvernos en la intensidad del encuentro, describiéndonos, desde el arte, experiencia de lo trascendente.